本发明提出一种自适应傅里叶计算关联成像方法及系统，所述方法包括：步骤S1、依据预采样模板生成第一傅里叶基图案以对成像目标进行照射，并根据采集的成像目标的光强信号计算得到目标图像粗略二维频谱能量分布图；步骤S2：利用采样概率密度函数计算目标图像粗略二维频谱能量分布图的采样概率，并根据计算的采样概率生成自适应采样路径；步骤S3、依据自适应采样路径生成第二傅里叶基图案以对成像目标进行照射并计算得到采样点对应的频谱系数，使用压缩感知算法对得到的频谱系数进行处理得到重建的目标图像，该方法解决了现有方法中采用相对固定的采样路径导致在相同采样数量下获得图像频谱的关键信息过少而使得成像质量降低的技术问题。