本发明涉及一种筛选超高压处理蓝莓汁和热处理蓝莓汁差异标志物的方法，属于食品领域。一种筛选超高压处理蓝莓汁和热处理蓝莓汁差异标志物的方法，包括下述步骤：将超高压处理蓝莓汁和热处理蓝莓汁在相同的条件下进行预处理，得待测样品；利用色谱和质谱联用技术分别检测两组待测样品，获得相应的质谱谱图数据；利用软件Analyst 1.6.3处理所得质谱数据，获得各组蓝莓汁中各个代谢物的相对含量；对得到的各组蓝莓汁中各代谢物的相对含量进行主成分分析；对两组代谢物的相对含量数据进行正交偏最小二乘法判别分析，筛选后所得代谢物为差异标志物。色谱与质谱联用可以实现从利用色谱进行物质分离到利用质谱进行物质鉴定的整个流程。