本发明公开了一种超声波图像量化诊断系统及其信号处理方法。超声波图像量化诊断系统包括数据接收模块、第一去噪模块、第二去噪模块；通过第一去噪模块内的经验模态分解模块将超声图像的每一行信号/列信号进行经验模态分解，获得本征模函数及余量，再通过能量去噪法和希尔伯特变换去噪法实现对信号的二次去噪。本发明针对肝脏超声图像的散斑分布，通过行信号和列信号两种方法对超声图像进行去噪处理，取二者均值能够有效改善单一方法去噪出现的某一方向噪声残余；在信号处理时通过能量去噪法和希尔伯特去噪法，二次去噪能够在第一次高频去噪后，将低频信号的噪声进一步消除，改善了肝脏超声图像质量，为医生的诊断提供了准确的依据。