本发明公开了一种文件访问控制系统，布置在操作系统中，包括：文件系统，适于接收应用程序对目标文件的访问请求，访问请求包括应用程序的访问信息；访问控制服务器，与文件系统相连，适于接收文件系统发送的基于所述访问信息检查应用程序的访问权限的请求，并适于基于权限表来确定与访问信息相对应的配置权限，并根据配置权限来确定应用程序是否具有对目标文件的访问权限；其中，在确定应用程序具有对目标文件的访问权限时，文件系统适于将目标文件返回至应用程序。本发明一并公开了相应的文件访问控制方法和计算设备。根据本发明的技术方案，实现了灵活控制应用程序对底层文件系统的访问权限，确保底层文件系统的数据安全性。