本发明公开了一种绿色养殖尾水处理系统，前半周期养殖塘通过抽水泵和排水泵与对应一级生态沟渠连接，后半周期养殖塘通过抽水泵和排水泵与对应一级生态沟渠连接，一级生态沟渠进水端通过对应的平板阀与三级生态沟渠连接，且出水端与二级生态沟渠连接，二级生态沟渠的下游出水端分别通过平板阀与三级生态沟渠的两端连接，本发明高效利用现有排水沟渠，仅对其进行生态改造，具有改造简单、投资低、占地面积小和施工周期短的优势，同时改造后的生态沟渠能有效去除养殖尾水中的固体颗粒杂质，降低溶解态氮、磷含量，降解污染物、有害物，解决了养殖塘尾水处理的难题，并实现养殖尾水的循环再利用。