本申请涉及地下建筑物及其施工技术领域，并公开了一种深厚软土地层地下车站结构及施工方法，施工步骤包括：S1，在预设车站深基坑地下连续墙区域外围施工三轴搅拌桩；S2，在预设车站深基坑区域中的三轴搅拌桩内侧施工地下连续墙；S3，在预设车站深基坑区域中施工超长钻孔灌注桩，并使得超长钻孔灌注桩与基岩层连接；S4，开挖车站深基坑；S5，在超长钻孔灌注桩上施工车站桩基承台；S6，在车站桩基承台的上方施工车站主体结构；S7，在车站主体结构的上方施工人工填土层。本申请解决了现有技术中软土层强度不够的技术问题，可以有效减少基坑的侧向形变，并保证了车站开挖与建造过程中的安全性与稳定性，使工程建设项目能更顺利地推进，提高了施工效率。