本发明涉及废弃物灭菌技术领域，具体为一种医疗废弃物灭菌系统，包括支柱，所述支柱上端固定连接有蒸汽桶，所述蒸汽桶外表面下端贯穿固定连接有冷却管，所述冷却管一端贯穿固定连接有臭氧桶，所述臭氧桶外表面下端贯穿固定连接有输送管，所述蒸汽桶下表面中心位置固定连接有蒸汽机构。本发明通过设置蒸汽机构，该方式在医疗废弃物进入蒸汽桶后，被扇形板分为两层，利用滑块和波浪形的滑槽配合，使扇形板倾斜，促使上层废弃物分多次下落至下层扇形板上，废弃物被高温蒸汽均匀且全面的完成灭菌的工作，避免废弃物堆积的内部无法接触到高温蒸汽，进而导致灭菌效果不佳的问题，可减少在将废弃物取出时导致二次感染的可能性。