本发明涉及医疗回收技术领域，尤其涉及一种医疗废弃物多级灭菌系统，包括主箱体，主箱体上端面固定设有端盖，主箱体内上侧设有投入腔，投入腔下侧左右两壁之间转动设有转板，两侧的转板的相距中心为对称中心，投入腔左右两壁设有开口向对称中心的移动腔，投入腔下侧设有切碎腔，切碎腔左右两端之间转动设有输送电机轴，输送电机轴从前至后均匀排列且输送电机轴相邻之间相对运动，输送电机轴外圆面固定设有毛辊，毛辊外圆设有能伸缩的刀片，切碎腔下侧左右两边固定设有固定架，本发明通过切碎腔内相邻之间的毛辊相对转动和伸缩刀头，以及压紧部分的转动结构控制，实现医疗废弃物的切碎、碾细，将粗颗粒进行细化使其更好发生反应。