本发明公开一种医疗废物的高压蒸汽灭菌方法及灭菌系统，待处理医疗废物送入灭菌室内，闭合灭菌室的压力泄放阀进行保压，启动灭菌室内的破碎装置，破碎所述待处理医疗废物；破碎进行时或完成后，向灭菌室内通入高压蒸汽进行加热操作，在预设压力下加热一定时间；预设压力到达后，继续向灭菌室内通入高压蒸汽，通过高压蒸汽形成的高温条件对医疗废物进行一定时间的灭菌操作；灭菌操作过程中开启包覆在灭菌室外的电热丝，对灭菌室内进行保压。本发明的灭菌方法和系统灵活移动，投资成本低，可跨区域协调处理的医疗废物应急处置装置，对提高偏远地区的医疗废物处理能力和疫情突发时期的应急“补位”处理能力都颇具意义。