本发明公开了一种光谱数据处理方法、装置、存储介质及电子设备，该方法包括：获取待检测光谱样本和已知疾病种类光谱样本；根据预先训练的卷积神经网络编码器对所述待检测光谱样本和已知疾病种类光谱样本进行计算，得到待检测光谱样本嵌入函数和已知疾病种类光谱样本嵌入函数；计算待检测光谱样本嵌入函数和已知疾病种类光谱样本嵌入函数的余弦相似度；根据所述余弦相似度计算得到注意力矩阵；根据所述注意力矩阵计算得到待检测光谱样本的检测结果。通过实施本发明，采用注意力矩阵，对于已知疾病种类，每种类采用几个样本即可实现待检测光谱样本的检测，可以加速训练过程，提高算力利用效率。避免了采用深度学习的方式需要大量样本的问题。