本发明公开了一种基于声光偏转扫描的结构光照明显微成像装置及方法，该装置将激发光通过偏振分光器分成两个对称的光路，每个光路各过一个声光偏转模块进行光束的扫描，两光束再通过合束器进行合束，在样品面上进行干涉产生照明条纹。每个光路中的声光偏转模块由两个互相垂直放置的两个声光偏转器以及两个透镜所构成的4f系统组成，通过控制加载在两个声光偏转模块中的各自的两个声光偏转器的载波频率，可以改变每个声光偏转器对光束的在xy平面上的扫描位置，进而得到不同方向的干涉条纹。利用声光偏转器对光束进行扫描，相比于振镜扫描可以获得更快的扫描速度；此外，相对于振镜，声光偏转器具有更高的扫描稳定性，可以实现更稳定的照明条纹。