一种软岩巷道智能多孔锚注系统，包括注浆机构，浆液扩散监测系统，注浆智能控制装置和计算机，所述注浆机构能够对软岩层进行多孔注浆作业；所述浆液扩散监测系统能够获取浆液在软岩层中的扩散状态信息，所述浆液扩散监测系统通过信号线向所述计算机进行信号传输；所述注浆智能控制装置能够采集所述注浆机构内的浆液运行数据并控制浆液运行状态，通过信号线向所述计算机传输数据并接收计算机传输的锚注操作作业指令；所述计算机内设置运算程序，能够通过逻辑分析运算所述注浆机构内的浆液状态信息和软岩层内的浆液扩散信息，并形成锚注操作作业指令。