本发明属于生物工程领域，具体的说是一种多肽纳米复合物及其制备方法，包括罐体、上料管、下料管、废水管和滤网筒；所述罐体的顶面连通上料管，所述罐体的底部侧面连通下料管，所述罐体的底面中部连通废水管，所述罐体的内部底面中部固接滤网筒，所述滤网筒的内圈连通废水管，所述上料管的底端位于滤网筒的外圈；工作时，将大豆粉末溶液通过上料管加入罐体内，溶液经过滤网筒进行过滤，过滤后的溶液通过滤网筒内部的废水管排出罐体，大豆纤维从下料管导出罐体，由于滤网筒为竖直设置，从而降低了大豆纤维在滤网筒上聚集的概率，降低了堵塞滤网筒过滤孔的概率，继而提高了多肽纳米复合物的制备效率。