本发明公开了一种海洋底栖生物原位固定系统和方法，所述系统包括若干固定机构和采集机构，固定机构包括内部有固定空腔的第一罐体、内部有限位空腔的保护组件和密封罐盖，第一罐体通过保护组件与密封罐盖连接，限位空腔中活动连接有第二罐体，所述第二罐体内部有弹性空腔，固定空腔通过弹性空腔与密封罐盖连接，所述保护组件的侧面沿圆周方向开设有施压窗口，所述采集机构包括采集组件和ROV主体，所述采集组件的输入端与ROV主体连接，所述采集组件的输出端通过施压窗口与第二罐体连接。在本发明中，通过采集组件对底栖生物进行识别以及采集到固定机构中，以使固定机构能够及时对底栖生物进行原位固定，避免底栖生物的遗传物质失去活性。