本发明涉及一种肺结节性质判定方法，S1获取多位病人的病理特征数据，分别提取影像结构化数据和基因甲基化数据的特征；S2对病理特征数据进行数据清洗得到小规模数据集；S3将小规模数据集中的每个样本进行特征选择得到最佳小规模数据集；将最佳小规模数据集中所有最佳样本分割为训练集和测试集；S4选择现有M种分类方法，使用训练集中分别对M种分类方法进行训练得到M种最佳分类方法；S5将测试集输入M种最佳分类方法中选择最终分类方法，S6对于一个待预测病人的病理特征数据处理后输入最终分类方法中，输出该待预测病人肺结节属于良性和恶性。该方法能用于本领域专家能够对肺结节良恶性进行辅助诊断参考性，而且实时性较高。