本发明公开一种电子凭证保存管理方法、系统及计算机存储介质，通过对待保存的财务电子凭证进行自动真伪判断，并对判断结果为真实财务电子凭证的电子凭证进行凭证类型分类及凭证种类识别，由此将该电子凭证保存在目标凭证类型数据库对应的目标凭证种类集合中，同时对电子凭证的各凭证类型对应的各凭证种类进行查看权限参数设置，从而向查看人提供符合查看权限参数的电子凭证查看下载，完善了企业财务电子凭证的保存管理功能，有效弥补了目前企业财务电子凭证的保存管理存在的保存效率低及保存安全度不高的弊端，提升了企业财务电子凭证的保存管理水平，从而大大减少了因企业财务电子凭证管理不善造成的经济损失。