本发明公开了一种基于云应用的双组织管理系统及其方法，包括云服务平台、外层组织应用模块和内层组织服务平台；所述云服务平台包括外层组织服务平台和内层组织服务平台。有益效果在于：本申请通过云服务其能够将数据传送至云端，降低了存储麻烦，此外在调取过程中可以通过局域网进行从云服务器调取，操作方便，此外利用上下级双层管理，能够达到数据的准确性，不容易产生造假行为，此外，各下级部门的数据相互独立，互不影响，此外这种双组织结构技术，具有很高的灵活性，任何一个层级的单位或部门使用后都可以利用外层组织确定它的隶属关系，不会因为系统先上后上的问题导致结构大的调整，具有很强的组织插拔性。