本发明提供了一种消除傅里叶解卷积离子迁移谱基线岐变的方法与装置，包括：采用傅里叶解卷积门控单元产生傅里叶解卷积门控调制脉冲信号，传输到离子门控制单元实现离子门的多路复用控制，再对检测器采集到的离子信号与所述的门控调制脉冲信号经傅里叶解卷积，得到的离子迁移谱初级信号再进行离子门感应脉冲零填充、傅里叶变换、低通滤波及傅里叶逆变换，得到离子迁移谱图。本发明可消除傅里叶解卷积离子迁移谱基线岐变，消除离子门感应脉冲对其有效信号的干扰，提高傅里叶解卷积离子迁移谱的信噪比，提升离子迁移谱的分析识别能力。