本发明特别涉及一种颅骨修复聚醚醚酮材料及其制备方法，属于生物医用材料技术领域，方法包括：将待修复头部进行分析，得到颅骨缺损部位信息；将聚醚醚酮根据颅骨缺损部位信息进行成型，得到基体；将聚多巴胺纳米微球对基体进行修饰，得到修饰基体；将四水硝酸钙溶液、磷酸氢二铵溶液和引导组织再生层溶液进行混合，得到矿化引导组织再生层溶液；将交联剂、修饰基体和矿化引导组织再生层溶液混合，得到混合物；将混合物进行反应、干燥、交联、解析和灭菌，得到颅骨修复聚醚醚酮材料；通过聚多巴胺纳米微球交联修饰聚醚醚酮，原材料容易获取，安全且环境友好，避免在制备过程中以及终产品使用中对人体带来的隐患。