本发明涉及一种基于深度学习的蚊虫种类识别方法和系统，包括：根据蚊虫种类将获得的图像分为若干类，并进行标记；将训练集中图像输入神经网络模型进行训练，经过训练获得最优神经网络模型；将验证集中图像输入最优神经网络模型中，并将最优神经网络模型的输出结果与人工标记的蚊虫种类进行对比，若输出结果的正确率大于阈值则模型验证通过；将测试集中图像输入经过验证的最优神经网络模型中，对其输出的蚊虫种类和其位置进行统计，获得最优神经网络模型的最终正确率；将待测蚊虫图像输入经过测试的最优神经网络模型，获得蚊虫分类结果和其位置。能够解决当前深度学习模型存在识别效果的预测准确率低的问题，实现对蚊虫种类的快速识别。