本发明公开一种基于Docker集群管理的多模型耦合内涝预警方法及系统，所述方法包括：收集基础水文数据和防汛资料建立管网径流模型和河道模型；对管网径流模型和河道模型进行模型分割，得到区域模型，按照径流历程将区域模型整合成多个完整的区域水文模型；在区域水文模型中，将管网径流模型的模拟结果作为河道模型的边界条件进行模型耦合，得到区域内涝耦合模型，并建立数据处理分析功能模块；将区域内涝耦合模型和数据处理分析功能模块分别打包成多个Docker容器，通过Docker集群管理的方式分别建立模型集群和数据处理集群并部署到云端服务器中；基于模型集群和数据处理集群进行内涝预警分析和可视化展示。本发明的内涝预警模型可同时兼顾的时效性和准确性。