本发明属于无人船水质检测技术领域，具体涉及一种基于无人船的水质采样检测系统，包括无人船体，所述无人船体的内部安装有样品收纳箱体和鼓气泵，所述样品收纳箱体的输出端连接有至少一个采样管道，所述采样管道的底端部连接有采样头，所述采样头的侧壁安装有第一连接块，所述采样管道的外侧均匀绕设有发热电阻丝，所述鼓气泵的鼓气口密封连接有输气管道，所述输气管道的一端部穿过第一连接块并延伸至采样管道内部安装有三通管。本发明实现采样效果的同时，可以利用发热电阻丝将采样管道的管道内壁进行加热，使得抽样过程结束后的采样管道内壁粘附的样品水滴被雾化，从而被三通管输送来的气体带走，从而无须手动拆卸采样管道进行清洗。