本发明公开了一种基于生物技术的菌落发酵装置，涉及生物技术领域，具体为一种基于生物技术的菌落发酵装置，包括承载台，所述承载台的左侧固定安装有弧形设置的驱动轨道，所述驱动轨道内滑动设有弧形的驱动臂，所述承载台的后侧固定设有驱动组件，所述驱动臂的右端固定安装有第一安装架，所述第一安装架上通过固定组件安装有发酵罐，所述承载台的右侧固定安装有积水箱，所述积水箱的上表面安装有高压水枪；还包括检测控制器，所述检测控制器用于检测所述发酵罐的状态信息。通过检测控制器，可以对发酵罐是否处于待清洁状态进行检测，并控制高压水枪和驱动组件配合工作，完成发酵罐的清洗过程，无需将发酵罐进行拆卸。