本发明提供一种降低水体中藻类密度的净藻生物种群驯化方法及其应用，包括一种降低水体中藻类密度的净藻生物种群驯化方法，准备经过清洁、暴晒处理的驯化培育池；采用筛绢向驯化培育池内过滤进水；在进水体积到达驯化培育池体积一半时施放厩肥并进行搅拌，搅拌完成后继续进水至设定水位并静止若干天，捞去水面的漂浮物；逐次在每个驯化培育池内进行引种、驯化培育和筛选得到能快速牧食水体藻类，其中，首个驯化培育池引入未驯化培育的净藻生物种群，下一个驯化培育池引种于上一个驯化培育池驯化培育得到的净藻生物种群，本发明驯化培育的净藻生物种群对水体中藻类密度的去除能力强，驯化培育效果明显，对净藻生物种群降低藻类密度的能力提升明显。