本发明公开了一种农家肥发酵系统及方法，包括发酵箱，发酵箱的底部的中央位置处固定焊接有电机，电机顶部输出端通过联轴器固定安装有延伸到发酵箱内腔的转轴，转轴外部且位于发酵箱内腔中的位置均匀固定焊接有第二搅料机构，发酵箱底部的左侧和右侧均固定安装有延伸到发酵箱内腔的第一搅料机构，发酵箱右侧侧壁的底部固定连接有农家肥出料管，发酵箱正面左侧侧壁的上端固定安装有PLC控制器，PLC控制器分别与第一搅料机构和电机之间电性连接。该农家肥发酵系统及方法通过PLC控制器启动第一电动气缸带动搅料楔形板周期性上下移动，通过PLC控制器启动电机带动转轴和第二搅料机构转动进而使得农家肥料的混合速率较高，混合均匀度更好。