本发明公开了一种抗精神病药物疗效的预测装置，所述方法通过变异确定模块处理和计算受试者的皮层下结构的体积，计算所述体积中两脑区间体积的关联系数，并根据所述关联系数确定所述皮层下结构的协变连接的变异程度；基因获取模块获取所述皮层下结构对应的尸检脑组织的全基因组基因表达值，根据所述全基因组基因表达值和所述变异程度确定感兴趣基因；预测模块获取所述感兴趣基因对应的甲基化水平，根据所述甲基化水平构建逐步多元线性回归模型，通过所述多元线性回归模型获得抗精神病药物疗效的预测结果，能够有效预测抗精神病药物的疗效，提高了抗精神病药物疗效预测的效率，保证了抗精神病药物疗效预测的准确性。