本公开公开了建立药物协同作用预测模型的方法、预测方法及对应装置，涉及人工智能技术领域下的深度学习和AI医疗等技术。具体实现方案包括：获取关系图，所述关系图中的节点包括药物节点和蛋白质节点，边指示节点间存在相互作用；从所述关系图中采集已明确协同作用的药物节点对以及该药物节点对是否存在协同作用的标注作为训练样本；将训练样本中的药物节点对作为药物协同作用预测模型的输入，将药物节点对是否存在协同作用的标注作为目标输出，训练所述药物协同作用预测模型；其中所述药物协同作用预测模型基于图注意力网络对所述关系图进行学习得到。基于此能够实现药物协同作用的自动预测，相比较全部采用试验的方式更加节省人力物力成本。