本发明属于计算机技术应用领域，公开了一种基于异构信息的药物‑靶标相互作用预测方法。在已知药物‑靶标、药物‑药物和靶标‑靶标的关系矩阵的前提下，通过构建药物和靶标的可变特征表示，重建各关系矩阵。将各重建矩阵与原矩阵之差作为误差矩阵，将各误差矩阵逐元素求平方后再逐元素加和作为重建误差。将重建误差反向求导，通过梯度下降的方法同步更新变量，使重建误差逐渐收敛到最小。取重建误差最小化时的重建药物‑靶标关系矩阵，与原关系矩阵进行对比即可得到新预测出的药物‑靶标相互作用关系。本发明可以充分整合药物和靶标相关的异构信息，为计算机辅助药物发现和药物重定位提供有力的工具，具有良好的应用前景。