本发明属于机器学习以及计算机生物信息学领域，公开了一种基于多通路图卷积神经网络的药物靶标预测方法。本发明包括步骤：基于随机游走的方法，计算药物信息的概率共现矩阵；通过概率共现矩阵计算移位正点互信息(PPMI)矩阵，通过使用计算所得的PPMI矩阵以及带自环的药物信息邻接矩阵作为全局和局部一致性的卷积核，对药物信息网络做图卷积操作，整合复杂有效的节点及拓扑结构知识，并通过交叉熵损失函数以及均方差损失函数联合对模型进行训练，将训练完成的模型作为药物靶标潜在关系预测的模型。本发明避免了传统药物靶标预测方法的局限性。本发明借助于多通路图卷积神经网络模型，实现高精度的药物靶标预测。