本发明公开了一种基于磁共振扫描影像的模板数据的生成及应用方法，属一种磁共振扫描影像的处理方法，将磁共振扫描影像导入至vtk工具包，使用vtk工具包中的函数库对所述磁共振扫描影像进行三维重建，然后通过人脸检测算法对三维重建图像的截面检测，得到三维人脸特征点第一坐标；使用双目深度相机获取人脸的彩色图像与人脸深度图像，获得三维人脸特征点第二坐标，将两者进行刚性配准，得到多个磁共振扫描影像的模板数据。通过不同且差异较大的人体头部磁共振扫描影像，提前预制多个磁共振扫描影像的模板数据，选取与当前双目深度相机获取人脸图像差异值最小的模板数据作为当前人脸图像的磁共振扫描影像，进节约患者医疗成本，也提高了TMS治疗的效率。