本发明涉及燃料电池技术领域，公开了一种燃料电池堆结构及其组装方法，燃料电池堆结构包括第一端板、第二端板和多个单电池组，所述第一端板和所述第二端板相对间隔布置，多个单电池组层叠设置在所述第一端板与所述第二端板之间，且多个单电池组的层叠方向与第一端板、第二端板的中心连线平行设置，相邻的所述单电池组密封连接；每个所述单电池组均包括多个单电池，多个单电池层叠设置且串联连接，相邻的所述单电池之间密封连接。本发明在组装燃料电池堆结构时，以预先制作的单电池组为单位进行堆叠，提高组装效率，且无需一节双极板一节MEA交替堆叠，降低MEA与双极板之间出现错位的几率，从而缓解组装过程中出现的错位、扭转等问题。