本发明公开了一种靶向甲基化测序文库的构建方法及试剂盒。其中，该构建方法包括：甲基化文库的构建及靶向甲基化文库杂交捕获的步骤，其中，甲基化文库的构建包括：对片段DNA进行末端修复，甲基化接头连接，将接头连接产物中未甲基化的C碱基转化成U碱基，使用能够识别U碱基的扩增酶进行PCR扩增，得到甲基化文库；靶向甲基化文库杂交捕获包括取甲基化文库进行混样、浓缩，甲基化文库杂交，甲基化文库热洗脱，甲基化文库常温洗脱，靶向甲基化文库扩增和靶向甲基化文库纯化，纯化完成的靶向甲基化文库即为靶向甲基化测序文库。应用本发明的技术方案，提供了一种靶向甲基化测序文库的构建方法，该方法更适用于甲基化文库的靶向捕获。