本发明提供一种抑制自主导航电文切换时刻授时跳变的方法及系统，当卫星产生自主导航钟差时，每一历元进入钟差修正过程：检测地面上是否更新过广播钟差，如果是，则进入下一步骤，如果否则退出钟差修正过程；计算下一小时广播钟差组号N，如果查询第N组广播钟差有效，则进入下一步骤，如果无效退出钟差修正过程；判断第N组广播钟差龄期是否正常，如果是，则进入下一步骤，如果否则退出钟差修正过程；根据第N组广播钟差修正自主导航钟差，完成上一历元自主导航钟差结果的修正，使地面无故障时，自主导航钟差产品能够一直同步到地面时钟，从而实现地面出现故障时卫星切换播发自主导航电文时卫星钟差不跳变。同时提供一种星载计算机可读存储介质。