本发明公开了基于全光谱水质分析仪的农业面源污染监测系统，属于农田水质检测技术领域，包括区域规划模块、线路规划模块、农田检测模块、湿地校正模块、数据库和服务器；通过区域规划模块进行农田的区域划分，获得监测区域，线路规划模块根据获得的监测区域设置湿地检测区；农田检测模块对监测区域内农田的水质进行检测，并将采集的水质数据发送到对应的湿地校正模块；湿地校正模块用于对农田检测模块采集的水质数据进行校正，在湿地检测区设置协同校正装置，实时获取协同校正装置的采集数据，采集数据包括协同数据和日常光谱数据，协同数据包括协同光谱数据和标准数据，根据协同数据建立校正模型。