本发明公开一种流域水电站水量不平衡问题诊断与出库流量修正方法，包括以下步骤：步骤一，基础资料整理；步骤二，计算得出流域径流系数概率分布；步骤三，对于步骤二中不合理的点的数据以及没有落在置信区间的点的数据，需根据实际情况诊断其问题，判断该点对应的水电站出库流量是否存在问题；步骤四，对于步骤三中，若是出库流量存在问题，建立该水电站出库流量与发电流量、泄洪流量的数学关系；通过计算该水电站与下游水电站径流系数公式以率定期数据为基础对参数α、参数β进行率定；步骤五，通过率定期得出的参数α、参数β进行检验期各时段出库流量的计算。本发明能够处理由于水量不平衡而导致的出库流量误差较大的问题。