本发明公开了一种基于PFOR酶活性导向的FMT供体筛选方法，以艰难梭菌体内的PFOR酶为靶点，通过测试FMT供体提供的粪菌液对PFOR酶的抑制率，筛选预测和/或评价FMT对于艰难梭菌感染的治疗效果。本发明以艰难梭菌内的PFOR酶为靶点，通过培养带有PFOR酶质粒的大肠杆菌，并诱导其在IPTG的作用下产生PFOR酶，通过体外实验检测FMT供者所提供的粪菌液对PFOR酶的抑制率，即可初步判断基于该供体的FMT对于艰难梭菌感染的治疗疗效，可用于筛选FMT的供体，或者评价所提供的粪便质量的优劣，既避免了直接培养艰难梭菌的复杂过程，通过酶反应，即可推断FMT供者所提供的粪菌液对于艰难梭菌的抑制作用，且PFOR酶为艰难梭菌获取能量的步骤，对于艰难梭菌的意义重大。