本发明公开了一种楼道轨道电梯智能运行控制系统及其控制方法，包括至少两个运输椅控制系统和用户控制端，均用于控制对应的运输椅，每个运输椅控制系统对应的设置在对应的运输椅上，用户控制端设置在楼道的各个楼层楼梯间或用户家中，运输椅控制系统包括控制器、RF无线单元、供电单元、信号采集单元、告警单元和动力输出单元，本发明上述两个实施例利用信号采集单元对运输椅进行位置采集，合理的判断运输椅进行对应的工作，并改善智能运行控制系统中的告警和用户控制端，智能化程度高，实现了预警功能，提高了使用效果。