本发明提供了一种共混改性全氟磺酸树脂复合物、复合离子交换膜及二者的制备方法。该共混改性全氟磺酸树脂复合物包括全氟磺酸树脂和多官能团聚合物，多官能团聚合物为乙烯‑乙烯醇类共聚物和/或改性乙烯‑乙烯醇类共聚物，改性乙烯‑乙烯醇类共聚物包括季铵化的乙烯‑乙烯醇类共聚物和/或磷酸化的乙烯‑乙烯醇类共聚物。本申请利用聚合物的结晶性和不同官能团之间的相互作用改善复合物的机械性能、阻隔性、耐醇性及不同工况下的电化学性能。将此复合物应用于复合离子交换膜中，羟基、季铵官能团、磷酸官能团和磺酸官能团间形成的氢键作用能够显著提高复合膜的机械性能、阻隔性和耐溶剂性，改善了复合膜在极端工况下的鲁棒性。