本发明提供一种应用于超导集成电路的堆栈式电连接结构及其制备方法，通过对光刻胶层进行图形化形成光刻窗口，并基于该光刻窗口形成超导连接层，然后在该超导连接层上形成上层超导金属层，实现上下两层超导金属层通过超导连接层的电性连通。由于光刻胶层是通过曝光显影形成光刻窗口，光刻窗口的形状非常规则，所以形成的超导连接层形状非常规则，同时上层超导金属层形成于该规则的超导连接层上，如此实现预设层数超导金属层的互连，得到的电连接结构具有方块电感特点，电感值小且易控制；另外，电连接通路图形规整完好，大幅提升孔洞的导通承载电流，且电流路径没有弯折，电流分布均匀；最后，光刻窗口工艺密度大，可以有效降低电连接结构体积。