本发明公开了一种缸体结构、水冷发动机及摩托车，缸体结构包括缸本体，缸本体具有内腔和冷却腔，内腔用于安装缸套，冷却腔在缸本体上呈环形设置并位于内腔的外周；缸本体还设有底槽和出水孔，底槽开设在冷却腔的底壁上，底槽的底部低于冷却腔的底部，出水孔与底槽相通。缸本体通过内腔实现与缸套的套接，而通过冷却腔的设置形成水套结构，以满足对缸套的冷却要求；由于底槽开设在冷却腔的底壁上，且底槽的底部低于冷却腔的底部，使得冷却腔内的冷却水及杂质能够汇流到底槽内，然后通过与底槽相通的出水孔排出，从而使得冷却腔内的冷却水及杂质排放完全，避免冷却水及杂质难以排放完全导致的冷却水添加量难以把控及散热器堵塞等一系列问题。