本发明涉及一种配方多层次加密方法、装置、计算机设备及存储介质，其中，加密方法包括：各用户端根据不同应用分组对应的材料库选取待用材料，并进行加密编码以得到仅供对应应用分组查看的加密材料列表；生成初始配方；将所述初始配方的部分或者全部材料分割成一个或者多个加密材料包以生成复合加密配方；对所述复合加密配方进行图形码加密以生成供配料业务端扫码读取的加密配料单；向用户端分配查询权限以使用户端仅能查询对应应用分组的所述复合加密配方。通过生成加密材料包，使得加工端也无法获知完整的产品配方，生成复合加密配方后对用户端的权限进行限制，使得用户端也无法获知完整的配方，从而极大的提高了配方的保密性。