本发明公开了一种定植杯自动摆杯的方法，先通过输送机将育苗穴盘输送到定植杯摆杯装置下方，拦截机构将育苗穴盘拦截；再通过育苗穴盘夹具将育苗穴盘夹紧并抬升，定植杯摆杯装置首次将定植杯摆入育苗穴盘中，通过定植杯夹具将上下两个叠在一起的定植杯分离；再控制育苗穴盘下移，实现摆入育苗穴盘中的定植杯和其上方的定植杯完全分离；然后移动定植杯摆杯装置，同时育苗穴盘夹具再次抬升，完成下一排定植杯的摆放；摆杯完成后，育苗穴盘继续向前输送。该方法能取代人工摆杯，自动将码垛层叠的定植杯一一分离摆放在育苗穴盘中，有效提高定植杯的摆杯效率，降低工人的劳动强度，进行定值杯分离的同时还能去除定植杯上的飞边毛刺。