本申请提供一种基于无人机的太阳辐射观测方法及系统，该方法包括：根据科考船位置和目标观测区域确定飞行航路；控制无人机按照飞行航路，飞至目标观测区域中的指定观测位置；通过第一双光相机获取与目标观测区域相对应的第一可见光观测信息和第一红外光观测信息；根据第一可见光观测信息和第一红外光观测信息，判断目标观测区域是否符合预设的观测条件；当目标观测区域符合观测条件时，在无人机上水平推出太阳辐射仪连接杆，以使位于太阳辐射仪连接杆末端的太阳辐射仪获取太阳辐射数据。可见，该方法能够基于无人机实现对科考所需的太阳辐射观测，从而能够在保障工作人员安全的同时实现对目标观测区域的精细化观测。