本发明公开了一种水利灌溉用排水管的除锈系统及除锈方法，包括导向架、支撑环和设置在支撑环上的至少三个除锈刷，本发明涉及管道除锈技术领域。该水利灌溉用排水管的除锈系统及除锈方法，利用长度调节件作为模块化组件，以卡接的方式实现对弹性挤压筒和固定筒之间的连接，实现不同长度稳定连接的同时，保证适应于不同口径的排水管，间隔设置除锈刷和抹平头，对除锈刷造成的除锈痕迹进行抹除，并且利用第一弹簧保证除锈刷和抹平头与排水管内径的有效接触，避免长时间使用导致磨损后，除锈刷和抹平头与排水管内径无法有效接触的问题，且在除锈刷和抹平头两侧设置防尘套件，有效避免除锈粉尘的逸散，进一步保证加工环境的整洁健康。