本发明提供了一种掩星探测自主任务姿态导引方法及系统，其中，所述方法包括：发射星与接收星之间进行星间数据包通信，获得双星位置信息；根据所述双星位置信息，计算掩星探测时机，将卫星机动至掩星探测指向；根据所述掩星探测指向，计算掩星探测指向姿态导引律；根据所述掩星探测指向姿态导引律，进行掩星探测自主任务姿态导引。本发明提供的掩星探测自主任务姿态导引方法及系统，能够实现双星之间的轨道信息交互、在轨轨道外推与掩星交会时机自主计算、双星掩星探测自主任务姿态导引与执行以及双星高精度自主姿态导引，尤其适用于LEO‑LEO掩星探测任务。