本发明公开一种氢燃料电池电堆保护系统，包括两个端板以及设置在两个端板之间的多个电池单元，两个所述端板之间设有多个交错分布的第一框架与第二框架，所述电池单元分别固定在第一框架与第二框架的内侧并形成装配体，通过在端板的侧壁上设置加压推进机构，而在装配体的一侧设置转向扩撑机构，可对相邻的两个电池单元之间的封装压力进行调节，使得封装压力更加均匀，避免因为封装压力不均造成燃料电池的电阻、热阻以及传质阻力不佳的情况发生，进而提高电堆的效率、可靠性和适用寿命，通过在绝缘板与外侧的端板之间设置斜面板，可起到改变两端的端板之间的距离，提高了电池单元之间封装压力调节的效果。