本发明公开了一种通用型分离细菌的磁性纳米材料制备方法，以期为后续更好地进行目的菌的高灵敏检测提供基础，涉及材料化学领域和生物技术领域。该方法包括磁性纳米粒子与聚乙二醇的偶联、氨苄青霉素偶联聚乙二醇偶连的磁性纳米粒子、氨苄青霉素‑聚乙二醇‑磁性纳米粒子复合物对样品液中细菌的识别捕获以及细菌‑氨苄青霉素‑聚乙二醇‑磁性纳米粒子复合物的富集分离等步骤。通过磁分离捕获到的目的菌可以直接进行后续分析，与传统的细菌磁分离方法相比，该方法可以对食品基质中的大部分细菌进行磁分离，不仅提高了样品中细菌分离效率，同时也降低了成本。