本发明公开了一种具有自抗菌性能的水性聚氨酯及其制备方法，所述水性聚氨酯包括如下组分：聚四氢呋喃醚二元醇，聚碳酸酯二元醇，4,4‑二环己基甲烷二异氰酸酯，二羟甲基丙酸，乙二醇，1,4‑丁二醇，催化剂，丙酮，1，3,5‑三羟乙基均三嗪，中和剂，去离子水，哌嗪和十二碳醇酯。本发明中的水性聚氨酯具备良好的抗菌性能和防霉性能，能够减小微生物在涂料中的繁殖速度，不会破坏树脂中的成膜物质，保证树脂良好的涂饰效果，实现环保无毒化，对施工人员和使用人员的身体健康都提供了极大的保障，采用无机碱、有机碱相结合的中和方式，保证体系具有更好的亲水性和更优的稳定性，提供碱性环境，使抗菌剂更稳定，抗菌效果更持久。