本发明公开了一种多光源荧光扫描检测系统和检测方法，所述系统包括：样品安装组件，包括定位座和机械开关，所述机械开关安装用于感测待测样品是否安装到位；荧光切换组件，包括齿轮传动机构和多个滤光片，所述齿轮传动机构包括驱动电机、传动齿轮副、转盘和转盘支座，所述驱动电机驱动所述传动齿轮副旋转，所述传动齿轮副啮合连接所述转盘，所述多个滤光片安装在所述转盘上，所述转盘活动安装在所述转盘支座上，所述转盘支座上设置与所述滤光片配合使用的成像组件；控制组件，连接所述机械开关和驱动电机，接收所述机械开关的信号并控制驱动电机驱动所述齿轮传动机构的转动。本发明实现了细胞待测样品的自动定位及多种荧光源照射下的图像拍摄。