本发明提供了一种人机交互的水体半自动提取方法及系统，所述水体半自动提取方法包括：S1、获取待提取水体的原始遥感影像，对所述原始遥感影像进行影像增强处理，得到增强影像；S2、对所述增强影像进行人工标记种子线或非种子线，基于所述种子线或非种子线自动定义运算区域，将所述运算区域内的增强影像定义为影像I，基于所述影像I的位置与大小，初始化形成单通道掩膜影像M，在所述掩膜影像M内采用分水岭算法进行运算，得到水域矢量边界；S3、对水域矢量边界进行矢量抽稀，得到水体轮廓。本发明的方法及系统充分利用人机协同的优势实现人机交互模式下高精度、高效率的水体轮廓实时半自动提取，简化了操作过程，降低了人工成本。